Le prix de la tonne de carbone sur la première phase (2005-2007) n'en finit pas de s'effondrer à 0.12 euros la tonne. Le marché est en effet excédentaire de 1.45% par rapport à l'allocation initiale avec des émissions de 2027 millions de tonne de CO2 contre 2057 millions de tonne allouées. Mais l'interdiction d'utiliser ces excédents de quotas sur la seconde phase ainsi que le resserement de la contrainte lors de la négociation des nouveaux PNAQ (dits PNAQ II) maintiennent le prix à terme (seconde phase 2008-2012) à des niveaux toujours élevés : 22.30 euros pour le prix futures décembre 2008.
Le surplus de l'année 2006 est cependant inférieur à celui de l'année 2005 et celui de 2007 pourrait se révéler relativement faible ce qui laisse envisager une possible remontée des prix sur la fin de la première période (Prix Décembre 2007 : 0.13 euros). Par exemple, le Danemark qui était long sur l'année 2005 devient court sur 2006 (déficit hydrique de l'Europe du Nord).
Le marché à terme a enfin battu un nouveau record de volume d'échange avec 135.3 millions de tonne de CO2 échangées